В настройках пути сборки проекта Java вы можете указать внешние папки для сборки.
«Ссылка на дополнительный источник: используйте это, если у вас есть папка в файловой системе, которую следует использовать как дополнительный исходный файл»
Таким образом, ваш проект C ++ может указывать на основную папку, затем создавать проект java в другом каталоге и затем использовать вышеупомянутый механизм для компиляции всего исходного кода java. Не очень хорошее решение, так как у вас есть два проекта и два разных рабочих каталога.
Что я могу вам сказать наверняка, так это то, что у вас может быть только один проект на местоположение в файловой системе, поскольку eclipse создает целую кучу каталогов метаданных и т. Д.
Моя единственная другая мысль - если бы вы могли создать проект, который собирает Java и C ++. В Eclipse есть концепция строителей и натур. Каким-то образом вам нужен проект с Java и C ++ природой / строителями ...
Я сделал быстрый Google, и похоже, что этот пост охватывает обе эти опции: http://lorinc.blogspot.com/2006/10/how-to-mix-java-and-c-code-in-singe.html