вам не нужно ставить скобки вокруг второго оператора SELECT ... Кроме того, имена и порядок полей должны совпадать в обоих операторах SQL-Select. То, что вы можете хотеть, это что-то вроде
select 1 as LevelID, CT_CID from cat_tree where...
UNION
select 2 as levelID, CT_CID from cat_tree where ...
Теперь ваша вторая половина вопроса ... используя результаты первого ... Повторите запрос в качестве дополнительного выбора в ВТОРОМ запросе ...
select 1 as LevelID, CT_CID
from cat_tree
where ct_sid = $sid_int
and ct_parent = $cid_int
union
select 2 as LevelID, CT_CID
from cat_tree
where ct_sid = $sid_int
and ct_parent IN
( select ct_cid
from cat_tree
where ct_sid = $sid_int
and ct_parent in $cid_int )
Обратите внимание, что паренны нужны только в SUB-SELECT, а не в UNION. Не зная ваших данных, может быть более простой подход к тому, что вы пытаетесь получить