Вложенные установки устарели. Вы должны использовать либо предварительное условие, либо пользовательское действие.
Вот небольшое обязательное руководство для Visual Studio 2005: http://www.codeproject.com/KB/dotnet/Prerequisites_in_Setup.aspx
Вы можете попробовать использовать генератор манифеста загрузчика для настройки необходимого условия.
Если вы хотите использовать пользовательское действие, вы можете попробовать запустить msiexec.exe с соответствующей командной строкой или написать собственный код, который запускает MSI.
Это пользовательское действие должно выполняться после InstallFinalize в InstallExecuteSequence таблице. Также следует использовать флаги msidbCustomActionTypeAsync и msidbCustomActionTypeContinue .