Мое понимание базовой аутентификации с использованием Apache заключается в том, что она по определению является базовой.Если вы хотите работать с php и mysql, вы можете создать простую систему входа в систему, которая будет соответствовать вашим потребностям.Просто проверьте имя пользователя и пароль по отношению к его аналогам в базе данных mysql (конечно, хэшируйте пароль с помощью md5 или sha256), и, если это правильно, установите переменную сеанса, говоря так.Проверьте эту переменную на каждой странице, которая требует аутентификации, и перенаправьте, если она не установлена / не установлена в false.
Вот хороший пример: http://progtuts.info/92/login-system/