Java EE - это то, где вы будете искать.
Но, честно говоря, большинство людей, кажется, используют только подмножество этого: сервлеты, JSP и теги (или теги-библиотеки). Вы преуспеете, чтобы начать читать по этим темам. Книга Head First Servlets и JSP , похоже, пользуется большим уважением.
Теперь возьмите копию Tomcat или Jetty. Оба являются веб-серверами Java, которые предоставляют конечные точки для сервлетов и JSP. Вы сможете применить свои знания на некоторых примерах. (Большинство книг, вероятно, проведут вас через настройку одной из них, чтобы затем они могли привести некоторые примеры.)
Затем добавьте некоторые чтения об ORM (в частности, Hibernate в наши дни популярен - я нашел Использование Hibernate действительно хорошим чтением) и паттерн MVC. Затем, чтобы реализовать то, что вы узнали (или уже знаете) о шаблоне MVC, посмотрите в Struts, Spring или Wicket, сколько людей реализуют шаблон MVC в проекте Java.
Там. Это должно держать вас от неприятностей на некоторое время. =)