Вам нужно будет передать classpath. Этот код выполняет поиск пути к классам.
List<String> options = new ArrayList<String>();
options.add("-classpath");
StringBuilder sb = new StringBuilder();
URLClassLoader urlClassLoader = (URLClassLoader) Thread.currentThread().getContextClassLoader();
for (URL url : urlClassLoader.getURLs()){
sb.append(url.getFile().replace("%20", " ")).append(File.pathSeparator);
}
options.add(sb.toString());
Параметры передаются в compiler.getTask
CompilationTask task = compiler.getTask (Writer, memoryManager, диагностика, , опции , классы, единицы компиляции);