Будете ли вы разрешать изменения как на мобильном устройстве, так и на сервере? Если да, как вы будете обрабатывать конфликты, если одна и та же запись данных будет изменена пользователем A на мобильном телефоне и пользователем B на сервере?
Большая разница между платформой синхронизации и WCF заключается в том, что платформа синхронизации была создана для обнаружения таких конфликтов и предоставляет процедуры для их устранения, а WCF - нет.
При этом вы заявляете: «На стороне сервера мне нужно вызвать .net dll для обновления». Если вы говорите, что это должна быть конкретная библиотека DLL, которая уже есть в вашей компании или которую вы разрабатываете, то это, по-видимому, исключает возможность непосредственного обновления среды синхронизации SQL Server. Когда вы используете синхронизирующую среду, она напрямую связывается с базами данных как на сервере, так и на мобильном устройстве.