Вам нужно сначала преобразовать строку в координаты, прежде чем преобразовать ее в геометрию.
Если значения разделены запятыми, вы можете разделить их и создать массив координат
String[] split=stringgeometry.split(",");
Coordinate[] coordinates = new Coordinate[split.length/2];
index = 0;
for(int i=0;i<split.length;i+=2)
{
coordinates[index]=new Coordinate(split[i], split[i+1]);
index++;
}
После этого вы можете создать любую геометрию по своему усмотрению с помощью класса GeometryFactory ().Например, чтобы создать строку строки,
Geometry geometry = new GeometryFactory().createLineString(coordinates);
Это то, что вы хотите сделать?