Я бы не стал этого делать, если программные файлы, которые вы обновляете на клиентском компьютере, часто или постоянно работают, особенно если это серверные или демонические программы.
В дистрибутивах Linux менеджер пакетов (т. Е. dpkg в Debian) отлично справляется с обновлением программ (даже для демонов). Вы не можете использовать это?
Запись внутри исполняемого двоичного файла подвержена ошибкам.
В Linux есть librsync .