Без подробностей build.xml сложно быть более конкретным, но это делается с помощью установки атрибута target для javac-task .
Пример
<target name="compile-rmi">
<javac target="1.5" src="path-to-rmi-sources" destdir="rmi-classes"/>
</target>
<target name="compile-other-stuff">
<javac target="1.6" src="path-to-other-stuff-sources"/>
</target>
Затем вы идете и используете jar task , чтобы получить compile-rmi и построить отдельный jar с чем-то вроде этого:
<jar destfile="my-rmi.jar" basedir="rmi-classes"/>