Вы должны иметь возможность редактировать любой Ant-файл, который Netbeans генерирует как часть нового проекта. Они хранятся в папке проекта (той, которая содержит каталог nbproject) как build.xml, который, в свою очередь, ссылается на build-impl.xml.
Идея состоит в том, что вы можете отредактировать build.xml, чтобы переопределить цели Ant в build-impl.xml.