Из того, что я помню, вам все еще нужно [self.view addSubview:HUD];
в вашем коде (это могло измениться.
Я думаю, что ваша проблема в том, что вы не удаляете HUD из вида,
вызов:
[HUD removeFromSuperView];
когда вы закончили с этим, должны решить вашу проблему
метод
[MBProgressHUD hideHUDForView:self.view animated:YES];
Только скрывает, не удаляет полностью.