Не уверен, что вы все еще ищете решение для этого.В любом случае, у меня была похожая проблема, и я исправил ее, написав эту функцию:
private void scaleToRightAmount(VisualizationViewer<ModelObject, ModelEdge> vv) {
Point2D ivtfrom = vv.getRenderContext().getMultiLayerTransformer().inverseTransform(Layer.VIEW, new Point2D.Double(vv.getWidth(),vv.getHeight()));
MutableTransformer modelTransformer = vv.getRenderContext().getMultiLayerTransformer().getTransformer(Layer.LAYOUT);
modelTransformer.scale(0.9, 0.9, ivtfrom);
vv.repaint();
}