Полагаю, вы говорите о 2/3-сторонней разнице.
Это не ответственность системы контроля версий за обработку различий, а пользовательский интерфейс (G), который вы используете для этого.
Когда в SVN возникает конфликт, у вас есть 3 разных файла в вашей рабочей копии: исходный файл, готовящаяся к выпуску версия и базовая общая версия.
Например, Subclipse (интерфейс SVN для Eclipse) предоставляет трехстороннее сравнение на основе этих 3 файлов, чтобы помочь вам разрешить конфликты.