Если пользовательская локализация происходит только в codebehind (cs file (s)), я не вижу причин, чтобы она не работала с LocBaml.
Вы всегда можете использовать хак, чтобы использовать LocBaml и для этой локализованной строки, что-то вроде этого:
<TextBlock x:Uid="HiddenText" Name="HiddenText" Text="&Toggle console" Visibility="Collapsed" />
И в коде:
ToolInfo.MenuCaption = HiddenText.Text;
Этоотчасти ужасно, но вы должны быть в состоянии локализовать строку с помощью LocBaml таким образом.
В противном случае вам придется самостоятельно связать воедино отдельную систему - скорее всего со строками ресурсов и менеджером ресурсов - либо попытаться заставить одну из платформ локализации работать с LocBaml.