Я цитирую "в той же папке, что и файлы проекта"
Я предполагаю, что вы имеете в виду "файлы проекта", а не несколько файлов xxproj. Это (почти) всегда плохой выбор, чтобы поместить несколько проектов в одну папку. И из этого следует ответ: вы должны снять этот флажок, только если вы знаете, что это будет небольшое решение для одного проекта. И это обычно означает крошечный одноразовый или одноразовый инструмент.
В любом другом сценарии дополнительный каталог является преимуществом, а не бременем. Подумайте заранее, все всегда меняется. Вы можете добавить проекты (библиотеки) или добавить этот проект в другое решение позже.