Вы можете просто использовать стандартные инструменты Unix или любую другую ОС.Итак:
mv dir1 dir2
должно работать.Просто убедитесь, что вы добавили и dir1, и dir2 в область подготовки после того, как вы это сделали, чтобы вы зафиксировали изменения.
Примером того, как зафиксировать изменение (после его завершения), может быть:
git add dir1 dir2 && git commit dir1 dir2
Возможно, есть и другие способы сделать это.