Существует модуль npm с именем emailreplyparser , который портирован из библиотеки github ruby, которая делает это. Как вы указываете, форматы, используемые для этого, не являются стандартными, и поэтому любое решение будет довольно хрупким и несовершенным, но whaddayagonnado ?
Вот пример, где я беру ответ JSON, полученный от нового API Gmail, и успешно получаю доступ только к новому тексту ответа для данного сообщения.
var erp = require('emailreplyparser').EmailReplyParser.read;
var message = require('./sample_message.json');
var buffer = new Buffer(message.payload.parts[0].body.data, 'base64');
var body = buffer.toString();
//body is the whole message, the new text and the quoted reply portion
// console.log(body);
var parsed = erp(body);
//this has just the text of the reply itself
console.log(parsed.fragments[0].content);
Обратите внимание, что может быть несколько интересных фрагментов, если автор чередовал текст ответа и цитируемые фрагменты сообщения.