Вы должны явно назвать их:
SELECT a.foo first_col, b.foo second_col, c.foo third_col
FROM a, b, c
WHERE [conditions]
Если вы выбираете данные, используя
$row = mysql_fetch_assoc($query);
теперь вы можете получить доступ к столбцам, используя $ row ["first_col"], $ row ["second_col"] и $ row ["third_col"]. Это связано с тем, как работает клиентская библиотека mysql. Имя таблицы просто не будет добавлено к имени столбца. Это означает, что каждое имя столбца должно быть уникальным, чтобы отображаться в результате.