О какой версии CodeIgniter вы говорите?
Я бы, честно говоря, пошел бы по пути виртуальных хостов. Вы можете попробовать настроить виртуальный хост с подстановочными знаками, чтобы, если вызываемый домен не был настроен на вашем сервере, по умолчанию использовалось приложение CodeIgniter.
Это будет динамично, потому что все, что вы делаете, это настраиваете DNS для доменов ваших клиентов, чтобы они указывали на ваш сервер, и все они получат один экземпляр приложения CI. Это не безопасно, хотя.
Я бы предложил использовать функцию CI, в которую отправляются все домены до того, как будет запущено основное приложение CodeIgniter. Затем этот посредник выполнит некоторый поиск в таблице БД, чтобы узнать, является ли вызываемый домен разрешенным. Если нет перенаправления, загрузите основное приложение CI.
Это должно хорошо работать для CI 2.x, так как он может автоматически определять домены, поэтому вам не нужно жестко кодировать в файле конфигурации.
Для CI 1.6.x вы должны жестко запрограммировать URL-адрес приложения в файл конфигурации. Если это ваша версия, вам может потребоваться обновить или изменить приложение.
HTH:)