Я могу подтвердить, что это совсем не проблема.
У меня есть несколько приложений, где я использую YAJL-iOS.
Последний был одобрен около 15 дней назад.
Если вы имеете в виду тот факт, что приложение не может использовать непубличный API, оно отличается от внешней среды, такой как YAJL.
В большинстве случаев эти библиотеки построены исключительно на функциональности iOS и просто облегчают программистам задачу выполнения обычных задач, таких как анализ JSON.
Другие, например Three20, особо отмечают, что они используют непубличный API. Они также упоминают, как использовать всю платформу, и поэтому отключают эти вызовы, чтобы получить одобрение Apple.