Текущий каталог "/", а не каталог приложения:
#include <jni.h>
#include <android/log.h>
char cwd[1024];
if (getcwd(cwd, sizeof(cwd)) != NULL)
__android_log_print(ANDROID_LOG_INFO, "", cwd);
Чтобы получить каталог приложения, вам нужно использовать вызовы JNI для кода Java, который, в свою очередь, получает каталог приложения Android из Context.