Комментарий Реми правильный.
У учетной записи SYSTEM
нет собственного куста реестра HKEY_CURRENT_USER
.
Вы должны хранить информацию о конфигурации в HKEY_LOCAL_MACHINE
или в своем собственном файле конфигурации xml в каталоге AppData.
Примечание: Я полагаю, что попытка использовать HKEY_CURRENT_USER
, когда куст профиля не загружен, даст вам HKEY_USERS/.DEFAULT
; это не то, что вы хотите использовать.