Я верю, что этот SQL-запрос поможет вам.
select
type_id,sku
from catalog_product_entity a
left join catalog_category_product cp on cp.`product_id` = a.entity_id
left join catalog_product_relation cpr on cpr.child_id = a.entity_id
where
cp.product_id is null
and cpr.parent_id is null
and a.type_id != 'configurable' -- per ben below