Да, вы можете. При создании нового NativeWindow вы можете добавлять и удалять дочерние элементы на его сцене. Таким образом, вы можете добавить свой класс / компоненты в новое окно и прослушать их события.
// create NativeWindowInitOptions
var windowInitOptions:NativeWindowInitOptions = new NativeWindowInitOptions();
windowInitOptions.type = NativeWindowType.NORMAL;
windowInitOptions.minimizable = true;
windowInitOptions.resizable = false;
windowInitOptions.maximizable = false;
windowInitOptions.systemChrome = NativeWindowSystemChrome.STANDARD;
windowInitOptions.transparent = false;
// create new NativeWindow
var newWindow:NativeWindow = new NativeWindow(windowInitOptions);
// create your class
var popupBox:Sprite = new Sprite();
// resize
newWindow.width = popupBox.width;
newWindow.height = popupBox.height;
// add
newWindow.stage.addChild(popupBox);
// configure
popupBox.addEventListener(YourCustomEvent.CONFIRM, onPopupConfirm);
// for a popup it might be nice to have it activated and on top
newWindow.alwaysInFront = true;
newWindow.activate();
В функции onPopupConfirm вы можете закрыть окно и очистить ссылки. (Event.CLOSING в NativeWindow, может пригодиться для отлова закрытия alt + F4 и т. Д.)