shlex
не делает то, что вы хотите:
>>> list(shlex.shlex("/bin/ksh -c \". /Home/user/.khsrc\""))
['/', 'bin', '/', 'ksh', '-', 'c', '". /Home/user/.khsrc"']
Вы пытаетесь запустить корневой каталог, но это не разрешено, поскольку, ну, это каталог, а не исполняемый файл.
Вместо этого просто укажите subprocess.call список названий программы и всех аргументов:
import subprocess
command_line = ["/bin/ksh", "-c", "/Home/user/.khsrc"]
subprocess.call(command_line)