На самом деле, это похоже на ошибку в Weblogic 10.3. Происходит то, что в интерфейсе MyEJB были некоторые методы, которые были перехвачены, но этот интерфейс расширял другой интерфейс, и методы, которые были определены в суперинтерфейсе, не перехватывались. Я переместил все определения методов в интерфейс MyEJB и удалил наследование интерфейса, и теперь все методы перехватываются, как и ожидалось.