Нет способа заставить анализатор PHP игнорировать определенные неопределенные переменные в файлах шаблонов. Лучшее, что вы можете сделать, это отключить все предупреждения о неопределенных переменных.
Было бы здорово, если бы вы могли добавить что-то вроде этого в начало шаблона:
/**
* Template to display a node.
*
* @defined $node The current node
* @defined $title The page title
*/
, который отключит предупреждения "неопределенная переменная", а также послужит полезной шаблонной документацией.