Это должно сделать это, сначала он удаляет расширение .php, затем удаляет страницы / из URL.
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}\.php -f
RewriteRule ^(.*)$ $1.php
RewriteRule ^pages/(.+)$ http://www.yourblog.com/$1 [R=301,L]