В Java и в Unix, и даже на уровне файловой системы в Windows, нет разницы в том, имеет ли файл расширение или нет.
Просто Windows Explorer и, возможно, его подвески в Linux, используют расширение, чтобы отобразить соответствующий значок для файла и выбрать приложение, с которого нужно запустить файл, если он выбран двойным щелчком или аналогичными способами. .
В файловой системе есть только типизированные узлы, и могут быть файловые узлы, такие как "peter" и "peter.txt", и могут быть узлы папок с именами "peter" и "peter.txt".
Итак, в заключение, в Java нет никакой разницы в обработке файлов в отношении расширения.