r.owner
ссылается на ПЕРВИЧНЫЙ КЛЮЧ таблицы владельцев.
то, что вам нужно, это подвыбор (здесь для простоты сделано в SQL - я не слишком уверен в HQL):
select {r.*} from Restaurant as r where r.owner = ( select id from Owners as own where own = :username ).setString("username", username)
таким образом, вы сопоставляете внешний ключ с полем, на которое оно ссылается, а не с полем имени.