Было бы лучше, если бы вы могли предоставить больше информации о ваших проектах, отстой, так как это сборка ant или maven build?
Если вы просто хотите игнорировать некоторые зависимые проекты, вы можете добавить их в файлы .gitignore, например:
/ project1
/ project2
.....
Br,
Тим