Нет, это не будет сгенерировано для вас, но с небольшим усилием вы можете интегрировать их.Вы можете просто сгенерировать из своих таблиц, а затем вернуть сущность в свой слой хранилища:
public Customer GetById(int id)
{
return_context.Database.SqlQuery("Proc_GetCustomer @customerID", new SqlParameter("@customerID", id));
}