Используйте это:
Assembly ass = Assembly.LoadFile("pathtoYourExe");
Type myType = ass.getType ("Full name of type whose method you need to call");
myTypeName inst = (myTypeName) Activator.CreateInstance(myType);
Но если вы хотите вызывать методы запущенного приложения - используйте удаленное взаимодействие WCF или .NET.