Я полагаю, что проблема в том, что вы находитесь на установке, которая предоставляет вам PHP, реализованный в виде CGI или FastCGI.
Вы можете попробовать это:
RewriteCond $1 !^(index\.php|js|img|fonts|data|css|uploaded|mobile_devices|audioplayer|emails|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L]
И выНе забудьте отредактировать файл application/config/config.php
.В частности, измените:
$config['uri_protocol'] = 'AUTO';
На:
$config['uri_protocol'] = 'QUERY_STRING';
Причина в том, что CGI / FCGI не предоставляет PHP переменную PATH_INFO, что делает необходимым отправку информации какстрока запроса к CI.