Рад, что вы уже нашли ответ на свою проблему, кроме того, я хотел бы предложить добавить проверку диапазона при вызове подстроки (по крайней мере, в случаях, когда ожидается переменная длина строки)
if (line.length() > 7) {
System.out.println(lnr.getLineNumber() + " : " + line.substring(1, 7) +"!");
}
else {
System.err.println("Unexpected line, minimum expected length=7 chars");
}