Убедитесь, что у вас достаточно памяти для всех ваших данных и что ОС не вытесняет данные из памяти. ОС сделает это, если у вас запущены какие-либо другие программы, которые обращаются к файлам или вызывают конфликт памяти.
Вы можете наблюдать за сбоями mongostat, чтобы определить, не ударил ли диск.
Нет хорошего способа определить причину ошибки.