Аннотации не предназначены для этого. Проще всего сделать это как часть сборки.
Используя Ant, вы можете сгенерировать файл, содержащий информацию о версии, включить его в JAR-файл вашего приложения, загрузить его в качестве ресурса на сервер и передать RPC в код на стороне браузера. При копировании Ant может также выполнять замену строк в файлах, которые вы можете использовать для включения номера версии в файлы HTML вашего приложения (тогда RPC не нужен).
Понятия не имею о Maven, но я был бы очень удивлен, если бы он не мог сделать то же самое.