Единственное, что достигается при наличии загрузчика в ресурсах App.xaml, - это создание загрузчика и сохранение ссылки, чтобы он не собирался мусором. Вы можете попробовать создать его как:
public class SomeClass {
static Bootstrapper _bs = new Bootstrapper();
...
}
Это обеспечит инициализацию как часть статической конструкции, что происходит за некоторое время до того, как вы сможете создать экземпляр SomeClass
. Возможно, вам придется поэкспериментировать, чтобы увидеть, должно ли это произойти в вашем UserControl или в вашем окне.