Может ли более простое появление / исчезновение удовлетворить ваши потребности?
#div1{
height:100px;
width:100px;
background-color:Black;
}
$("#div1").click(function() {
$(this).fadeOut(1000, function() {
$(this).css("background-color", "#FF0000").fadeIn(1000);
});
});
Пример простого JsFiddle
EDIT
#div1{
height:200px;
width:200px;
background-color:Black;
float:left;
}
$('#div1').click(function (){
$(this).animate({backgroundColor: '#FF0000'}, 1000);
});
См. новый JsFiddle (использует пользовательский интерфейс jQuery). Я считаю, что это даст вам эффект, который вы ищете.