как насчет концепции типа "таблица соединений"? У вас есть Продукты, Учетные записи и Лицензии. Лицензия имеет идентификатор продукта и идентификатор учетной записи. Таким образом, вы не будете оплачивать стоимость больших документов и все равно сможете выполнить то, что пытаетесь сделать.
Монго против других вещей имеет компромиссы, одна из тех вещей, что многие ко многим действительно отстой в базе данных документов (компромисс один к многим, в значительной степени бесплатный) (или еженедельно, или что-то еще) запрос map-Reduce, чтобы получить данные в то, что облегчает вашу работу (и монго). Сокращение карт невероятно гибкое, и вы можете сказать, чтобы оно сохраняло результаты как коллекцию, оно также хорошо масштабируется в кластере, но производительность одного узла очень низкая (именно поэтому я бы сделал это как ночной)