Происходит с EF5 RTM, VS2012 RTM .
Я столкнулся с этой проблемой сегодня.Я выполнил «Update-Package EntityFramework» в консоли PM.NuGet не сообщала об изменениях, и проблема сохраняется.Затем я перезапустил VS2012 и повторил попытку Update-Database, и все заработало, как и ожидалось.Непонятно, что вызвало эту проблему, также неясно, способствовал ли пакет исправлений обновлению.
Сначала попробуйте перезапустить Visual Studio, затем попробуйте Update-Package EntityFramework, а затем перезапустите.