Предположительно, идентификатор пользователя, под которым работает ваше приложение, не имеет разрешения на запись в файл, в котором вы сохранили свою БД, или имеются проблемы с разрешениями для некоторого каталога в пути. Так что же говорит ls -l или -ld (или эквивалент Windows) обо всех соответствующих разрешениях и под каким ИД пользователя работает веб-приложение?