Я думаю, что это происходит, когда Xcode просит вас «модернизировать настройки», а вы делаете это или отклоняете (предпринимаете действия).
Я думаю, что это также происходит в точечных выпусках Xcode; у вас есть команда людей, которые используют разные версии Xcode? Или, может быть, система Lion с 4.1 / 4.2 и система Snow Leopard с 3.2.6?