Слияние с незафиксированными изменениями является принципиально несостоятельным действием. Слияние может пойти не так, и когда вы захотите, вы сможете вернуться к своему предыдущему состоянию, что возможно только в том случае, если эти изменения зафиксированы. Если вы не можете создать новую группу изменений в то время, поместите их в Mercurial Queue.