Вы можете использовать API JDT для обновления пути к классу подключаемого модуля eclipse.
IProject project = ...;
IJavaProject javaProject = JavaCore.create(project);
IClasspathEntry[] entries = javaProject.getRawClasspath();
IClasspathEntry[] newEntries = new IClasspathEntry[entries.length + 1];
System.arraycopy(entries, 0, newEntries, 0, entries.length);
// use Path and JavaCore to create a new entry
javaProject.setRawClasspath(newEntries, null);
Более подробный пример см. В этом Учебнике по JDT .