В WTP вы можете загрузить плагины для множества различных веб-контейнеров или серверов приложений Java EE.
Для этого перейдите на Window
=> Preferences
=> Server
=> Runtime Environments
=> Add...
Выберите сервер (ы), с которым вы хотите работать.
Однако, как отметил Рагурам, вам, вероятно, будет лучше начать с «Eclipse для разработчиков Java EE» в целом. Это связано с тем, что WTP построен на основе многих «инфраструктурных» плагинов, таких как EMF, и зависимости иногда колеблются, потому что все эти плагины развиваются параллельно ... и чаще всего - с изменением API; -)