Flex / Flash сам по себе не поддерживает многопоточность - Adobe продолжает утверждать, что многопоточность не является необходимой для большинства потенциальных приложений Flex и просто слишком усложнит среднестатистического разработчика Flex.
В поисках решений я нашел только фрагменты, в которых задача, которую нужно выполнить, одновременно логически разрезается на более мелкие части, а затем вы запускаете их по частям, позволяя пользовательскому интерфейсу получать промежутки времени между ними. Это может работать для некоторых, но не является решением вашей проблемы.
Теперь к Java - использование нативного процесса api может заставить его работать. Процесс Java берет на себя некоторую часть обработки, и вы управляете его рабочей записью и чтением из потоков ввода / вывода, которые связаны между процессом Java и приложением flex. Другой возможностью может быть межпроцессное взаимодействие с сокетами (сделал это сам до того, как появился нативный процесс API - работает!)