у вас может быть отдельная таблица в каждой базе данных для обновления версии. поэтому каждый раз, когда вы загружаете приложение, вы можете вызвать веб-сервис и получить текущую версию БД, которую вы храните на веб-сервере. если он более новый, чем имеющаяся у вас база данных, вы можете просто заменить его.
вы можете использовать веб-сервис .Net, который имеет метод для получения версии БД, хранящейся в сети, а с помощью библиотеки ksoap вы можете вызвать веб-сервис .Net и получить результаты.