Один из подходов (если вас не слишком заботит отслеживание уведомлений и кто их видел) - это создать таблицу, в которой хранятся уведомления для пользователей, а затем удалить эту строку, когда они отклонят уведомление.
Например, если они зарабатывают значок:
INSERT INTO NOTIFICATIONS.....
Затем, когда они очищают его (через AJAX, я полагаю)
DELETE FROM NOTIFICATIONS...
А при загрузке страницы вы можете просто собрать все уведомления для текущего пользователя и отобразить их.
Это имеет преимущество в том, что предотвращает «постоянно растущую таблицу», сохраняя записи только для текущих уведомлений и удаляя их, когда они больше не нужны.